Recipe: Dynamic Site Layout and Style Personalization with ASP.NET
マスターページとテーマをダイナミックに適用する方法がまとめられています。肝となるのはプロファイルの使い方と、各ページが継承する独自の親ページクラスの作り方でしょうか。
手順自体は複雑ではないので、実際に試してみるといいと思います。