ベータ2では、ClickOnceを利用してインターネット上からアプリケーションを配布する場合、そのアプリケーションのセキュリティ権限をインターネットゾーンのデフォルト権限から拡張する必要があるときには証明書をつけなければなりませんでした。
ClickOnce 信頼された発行者の設定
製品版ではこの制限がなくなっています。その事情がこちらのBlogで語られてます。
ClickOnce and permission elevation prompting in the internet zone
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