Tip/Trick: How to upload a .SQL file to a Hoster and Execute it to Deploy a SQL Database
レンタルサーバ上でSQL文を実行させ、データベースを構築するための方法が記述されています。ここで紹介されているツール（RunSQL.aspx）のソースを見ればすぐわかりますが、指定したファイルを読み込んでExecuteNonQueryで実行する、という仕組みです。
＃そうか、この手があったか。