MySQLって使ったことないんですが。。。
MySQL専用のコネクタが提供されているようですから、それを使うのが一番よいと思われます。
インストールしたけれどもusingでの設定が認識されない、とのことですが、dllはどこにインストールされているでしょうか?
GACの中にインストールされているなら、VS2005(かな?)から参照設定をする必要があるんじゃないかと思います。
Webサービスで使うだけならルートのすぐ下にbinフォルダを作って、そこにdllを置くことで使えるようになるでしょう。
WebサービスといってもASP.NETがベースになっています。
このあたりの使い方は前のバージョンでの情報が見つかれば参考になるのではないでしょうか。
あおい情報システム株式会社 小野修司(どっとねっとふぁん)